疯狂收藏家吉尔露太为了向世界展示传说中的宝可梦，强行捕获了火焰鸟，却意外唤醒了闪电鸟与急冻鸟。三只神兽的愤怒引发了天地异变，整个地球的气候系统开始崩溃。小智和皮卡丘在混乱中遇到了一只会说话的神秘宝可梦“洛奇亚的化身”。为了平息三神的怒火，小智必须在橘子群岛的遗迹中集齐三种宝藏，并吹响传说中召唤海神洛奇亚的笛子。然而当洛奇亚真正出现时，它带来的不只是希望，还有关于人与自然平衡的沉重警告。
剧场版系列的绝对巅峰，配乐与画面至今看来依然震撼。洛奇亚登场时的压迫感与神圣感无与伦比。剧情不再是简单的“反派被打败”，而是触及了人类贪欲与自然反噬的严肃主题，最后小智与洛奇亚并肩飞行的画面永载史册。
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